フランチャイズ契約とは一般的にいえば、『本部（フランチャイザー）』が『加盟店（フランチャイジー）』に対して商標、商号、ノウハウ、商品、研究開発、販売促進活動、教育などを提供する義務を負い『加盟店』その指導のもと統一のイメージで商売ができ、そのかわりに『本部』に対して一定の金銭を支払う義務と『本部』の指示に従う義務を負う契約と言えるでしょう。
一般の消費者からは本店と支店のように見えて、その『加盟店』に行けばどこに行っても同じ品質のサービスが受けられるという安心感があります。また、『加盟店』としても知識やノウハウがなくても比較的少ない金額で開業ができＴＶなどで宣伝もしてもらえるなどの有利な面があります。
『本部』と『加盟店』及び『加盟店』同士は独立した事業者ですので、販売価格を一定にする取り決めなどがあると独占禁止法に違反する可能性があります。その他にも、販売地域を制限したり、仕入れ業者を指定したり、販売方法を強制したりすれば独占禁止法に違反する可能性が大きくなります。
しかし、フランチャイズの主な目的は『消費者がどこに行っても同じ品質のサービスを受けられる』ということですから、その目的のためならばある程度のことは許されています（どの程度かが難しいのですが）。
例えば、指定業者からの仕入れも品質を保つために必要であり他の業者よりも安価（通常なら安くなっているでしょう）であればほとんど問題にはならないでしょう。逆に言えば同品質のものをもっと安く仕入れられるなら仕入先を自由に変えられるのが本来の事業者同士の関係です。
ロイヤリティーは加盟店が本部に支払うお金でいわゆる上納金みたいなものです。今、大手コンビニと一部の（もしかしたら多くの）加盟店との間でこの計算方法に関して問題になっているようです。
大半の大手コンビニのロイヤリティーは粗利益を基礎に算定するようになっているようです。そして、通常の会計で言う粗利益とは『総売上−総仕入』のことです。しかし、大手コンビニの粗利益の計算は廃棄した在庫等（万引きされた分なども）を総仕入から引いて計算する、つまり、その分算定の基礎になる粗利益が増える、その結果本部の取り分が増える、というとです。売上と廃棄在庫等によっては現実には赤字なのにロイヤリティーを支払うことになるわけです。
もちろん、これもお互いが納得して、吟味して、熟考して契約を結ぶのならとりあえず、いちおうは有効な契約ということになります。が、どうも本部の説明不足、情報提供不足と加盟者の理解不足があるようです。もし、本部が意図的に隠していたり、いい加減な情報を提供したりしているのであれば詐欺の可能性もでてきます。
これから加盟する人は契約書をよく読み、自分でもある程度経営のこと、会計のことを学び、わからないことはわかるまでしつこく聞き、必要ならば契約書以外にも別途書類（確認書、規約など）を作成しましょう。すべて相手任せにするような人は契約してはいけません。
『１円廃棄』とはなんのことでしょう？これは、上記のコンビニ会計に対抗するために加盟者が取った方法で、売れ残りなどを事業主等が１円で買い取るというものです。
１円ででも売れれば売れた分の原価は仕入原価に含まれることになります。例えば１００円で仕入れたものを廃棄するとその１００円は粗利益に含まれることになります（売れてないのに利益になる）。でも、１円ででも売れれば、その分売上が１円増えますが仕入が１００円増えて結果として粗利益が９９円減ることになります。
本部はこの方法を認めずに契約違反ということで解除通告をしたそうです。本来の事業者同士の関係ならば売値をいくらにしようかは店舗の自由のはずなんですが・・・。
ところで、１００円で仕入れたものを１円で売るときに気をつけないといけないことがあります。それが『不当廉売（ふとうれんばい）』です。
これは『独占禁止法』で定められているのですが、仕入れ値や経費を著しく安くして売るのは禁止されています。体力のある小売店が他の小売店を排除する目的で通常なら事業としてやっていけない値段で売ることを防止するための規制です。
基本的には仕入れ値より安い値段である程度継続的に販売すると問題になってくるのですが、事業主が買っている限りは周辺との公正な取引を阻害しないので不当廉売には当たらない、というのが公正取引委員会の見解のようです。あくまで個人的な見解ですが、なんとなく公取委も加盟者に同情しているような気がします。
不当廉売についてもっと詳しく知りたい人は、独占禁止法関係法令集から『不当廉売』で検索して『不当廉売に関する独占禁止法の考え方』からどうぞ。
また、『フランチャイズシステムについての独占禁止法の考え方』もありますので独占禁止法関係法令集から『フランチャイズ』で検索してください。